Аудит проводит Комиссия, сформированная из высших контрольных органов стран Союза.

В течение 2016 года буде проведен аудит эффективности формирования и освоения бюджета Евразийского экономического союза. Как сообщил  пресс-секретарь контрольной палаты Армении Арам Алавердян, такого рода проверки осуществляются ежегодно, в соответствии с Договором о Евразийском экономическом союзе. Аудит проводит Комиссия, сформированная из высших контрольных органов стран Союза.

В период с мая по июль 2016 года будет проведен контроль за исполнением протокола «о порядке зачисления и распределения сумм ввозных таможенных пошлин (иных пошлин, налогов и сборов, имеющих эквивалентное действие), их перечисления в доход бюджетов государств — членов Евразийского экономического союза». Комиссия осуществит контроль в странах-членах ЕАЭС в такой последовательности: Россия, Белоруссия, Казахстан, Киргизия и Армения.

Помимо этого, в течение 2016 года в Комиссии и Суде ЕАЭС будет проведен аудит эффективности формирования, управления и распоряжения средствами бюджета Союза, эффективности использования имущества и других активов Союза. По словам Арам Алавердяна, аудит в ЕЭК и Суде будет координировать Контрольная палата Армении. Результаты проведенного внешнего аудита (контроля) в органах Союза вносятся в установленном порядке на рассмотрение Высшего совета.

Согласно статье 22 договора о Евразийском экономическом союзе по инициативе любого из государств-членов могут проводиться проверки по отдельным вопросам финансово-хозяйственной деятельности органов Союза. Результаты проведенных ревизий финансово-хозяйственной деятельности органов Союза вносятся в установленном порядке на рассмотрение Межправительственного совета.