Гандзасар служил княжеской резиденцией правителей Хаченского княжества. Здесь же находится фамильная усыпальница. Согласно преданию, в Гандзасаре захоронена голова Иоанна Крестителя, привезенная сюда во время крестовых походов из Киликии. Именно поэтому центральный собор монастырского комплекса называется Сурб Ованнес Мкртич - Святого Иаонна Крестителя.

Основатель монастыря - правитель Гасан Джолал Дола, сын Вахтанга Тангика Вахтангяна. На его могильной плите высечена надпись, посвященная строительству монастыря:

Именем Святой Троицы — Отца, и Сына, и Святого Духа — я, слуга божий Джалал Дола, сын Вахтанга, внук Великого Асана, царь Хоханаберда с обширными провинциями, повелел сделать эту надпись. Отец мой перед своей смертью завещал мне и матери моей Хоришах, дочери великого князя Саргиса, построить церковь и кладбище отцов наших в Гандзасаре, [строительство] которого началось в 765 году армянского летоисчисления (1216 г.) с помощью Дарителя Благ, и, когда возвели восточную стену до окон, мать моя, отказавшись от светской жизни, в третий раз отправилась в Иерусалим, где, надев власяницу и проведя многие годы в отшельничестве у врат Храма [Гроба] Господня, ушла в мир иной в День Воскресения Христа, и там же была похоронена. Мы же, помня о напастях, подстерегающих нас в жизни, поспешили завершить строительство и закончили её милостью и благословением Всемилосердного Господа (в 1238 году).

Из Гандзасара Петру Великому были отправлены прошения восточных армян о принятии российского подданства. Среди инициаторов этого обращения был потомок Гасана Джалал Дола Есаи Гасан Джалалян. Во время карабахского конфликта монастырь целенаправленно обстреливался  азербайджанскими снайперами. В результате некоторые здания были разрушены, другие изрядно повреждены. В 1992 году в стену Гандзасара попал снаряд, который так и не разорвался.

Усилиями армянских меценатов, и в частности Левона Айрапетяна, Гандзасар был восстановлен, а в 2008 году в монастыре состоялась большая свадьба,  когда 687 молодых армянских пар обвенчались в один день. В настоящее время Гандзасар живет настоящей монастырской жизнью - здесь проходят регулярные службы, церковные праздники.