Противостояние руководства Армении и ААЦ началось сразу после смены власти в 2018 году. В видеоматериале Sputnik Армения представлено развитие антицерковных процессов за 7 лет и активизация кампании против Католикоса Гарегина II и Церкви в целом в последние месяцы.

Все началось в 2018 году с инициированного руководством правящей в Армении партии "Гражданский договор" движения "Новая Армения — новый патриарх".

После 44-дневной войны Католикос и премьер-министр не присутствовали вместе ни на одном мероприятии. 8 декабря 2020 года Католикос "по-отечески посоветовал" премьер-министру Армении Николу Пашиняну подать в отставку.

28 мая 2024 года в Сардарапате полицейские преградили дорогу Католикосу Всех Армян. 29 мая 2025 года Пашинян раскритиковал состояние церквей, назвав их "заброшенными и полными мусора чуланами". Пашинян начал публиковать жесткие посты в адрес Патриарха и высшего духовенства. При этом Пашинян нашел поддержку среди отдельных представителей духовенства.

После того, как настоятель Ованаванка пожаловался в эфире Общественного телевидения, что Католикос заставляет его участвовать в акциях протеста, начались вторжения сотрудников СНБ и других силовых структур, уголовные дела, задержания, скандальные публикации. Дело дошло до обысков и арестов в разных епархиях.

На октябрь 2025 года по различным уголовным делам арестованы руководители трех епархий ААЦ — Баграт Галстанян, Микаэл Аджапахян и Мкртыч Прошян, а также глава канцелярии Арагацотнской епархии иерей Гарегин Арсенян.

Католикос лишил сана настоятеля Ованаванка, который, однако, при поддержке властей отказался покидать пост и даже провел 26 октября "литургию", в которой приняли участие Никол Пашинян, члены правительства и их сторонники.